MT5の部分決済は、「成行注文」のみ可能です。
まず、ワンクリック取引が無効になっているかご確認ください。
MT5右上「ツール」>「オプション」>「取引」をクリック
ワンクリック取引にチェックが入っていない→ワンクリック取引が無効
ワンクリック取引にチェックが入っている→ワンクリック取引が有効

1. MT5下ツールボックス内「取引」のタブから、部分決済したいポジションの上で右クリックして「決済」を選ぶ

2. 発注画面が出てくるので、決済したい数量に変更する。下の「成行決済」のボタンに表示されている数量も間違いがないか確認して、決済ボタンをクリック。

また、当社が提供している「OANDA mini Terminal」でも部分決済だけでなく、通貨ペアごとの全ポジション決済や、損益がプラスのポジションのみの決済、損益がマイナスのポジションのみの決済など、MT5ではできない注文方法が可能になります。
詳細やダウンロードについては、下記ページをご参照ください。
MT5用「OANDA Mini Terminal」の使い方を紹介 | OANDA FX/CFD Lab-education(オアンダ ラボ)